商标侵权纠纷案件的诉讼管辖，分为级别管辖和地域管辖。关于级别管辖，最高人民法院于2002年1月公布的《关于审理商标案件有关管辖和法律适用范围问题的解释》第二条第三、四款作了明确规定。商标民事纠纷一审案件，由中级以上人民法院管辖。各高级人民法院根据本辖区的实际情况，经最高人民法院批准，可以在较大城市确定1-2个基层人民法院受理第一审商标民事纠纷案件。目前全国400余个中级人民法院都可以依法受理商标民事纠纷案件。由于级别管辖的规定明确具体，实践中一般不会因级别管辖发生争议。但商标侵权纠纷案件的地域管辖，常常成为诉讼管辖权争议的焦点。
民事诉讼法第二十九条规定了因侵权行为提起的诉讼，由侵权行为地或者被告住所地人民法院管辖。最高法院关于适用民事诉讼法若干问题的意见第28条规定，民事诉讼法第二十九条规定的侵权行为地，包括侵权行为实施地、侵权结果发生地。多年的审判实践说明，侵权行为实施地比较容易确定和判断，不易发生争议。由于商标权等知识产权案件涉及到无形财产的保护，具有不同于一般民事纠纷案件的特殊性；商品商标附着于商品上，而商品又具有在全国范围的可流通性。使得实践中对民事诉讼法司法解释的侵权结果发生地的理解，存在一定程度的混乱。多数管辖权争议都发生在侵权案件的地域管辖上，争议的焦点在于如何理解和确定“侵权结果发生地”。有的观点认为“原告受到了损害，原告住所地就是侵权结果发生地”，其结果则变成了“被告就原告”的管辖状况。这就违反了民事诉讼法确定的“原告就被告”的管辖基本原则。
《若干解释》第六条的规定，对侵权行为实施地具体解释为商标法第十三条、第五十二条所规定的侵权行为的实施地。同时考虑实践中新出现的涉及大量侵权商品储存、隐匿，以及海关等行政机关对侵权复制品查封扣押的案件，管辖上尚不明确的情形，明确规定侵权商品的储藏地、或者海关、工商等行政机关依法查封、扣押侵权商品的所在地，被告的住所地，可以作为确定管辖的依据，而对侵权结果地不再另行规定。
地域管辖的另一个重要问题，是涉及共同诉讼的商标侵权纠纷案件的管辖问题。因侵犯商标权的行为构成复杂，往往有不同的过程与环节。根据商标法及其实施条例的规定，侵犯商标专用权行为的表现形式包括使用的侵权行为，销售的侵权行为，以及伪造、擅自制造他人注册商标标识，销售伪造、擅自制造的商标标识，仓储等侵权行为。而这些行为实施地又往往不在一地。司法实践中存在当事人将使用者拉到销售地起诉，但又由于种种原因不起诉销售者的情况。当事人选择有利于己方利益的法院进行诉讼，本无可非议。但是一些人利用法律规定和司法解释不完善的情况大行“地方保护主义”，为了打赢官司将外地的被告强拉到本地诉讼，为不公正司法开方便之门。
鉴于这些法律适用与实践中出现的复杂情况，该《若干解释》第五条规定了对涉及不同侵权行为实施地的若干被告提起的共同诉讼，原告可以选择其中的侵权行为实施地人民法院管辖；仅对其中某一被告提起的诉讼，该被告侵权行为实施地人民法院有管辖权。这样规定强调了只有进行共同诉讼的商标权侵权案件，才能在同一个侵权行为实施地的法院起诉，传唤多名被告到该法院应诉。否则仅仅对某一侵权行为提起诉讼，只能在该行为实施地的法院起诉，而不能选择在不被起诉的其他行为人的侵权行为实施地起诉。例如仅针对侵权商标使用行为提起的诉讼，该商标使用地人民法院有管辖权，当事人不能到该侵权商品销售地的人民法院起诉。
正确理解和适用司法解释的上述规定，应当注意：1、对侵犯商标权民事纠纷案件，在符合上述规定的情形下，不再依侵权结果发生地确定管辖。其他司法解释中有关依侵权结果发生地确定管辖的规定，不再适用于商标权侵权纠纷案件。2、上述司法解释规定的查封扣押地，仅指海关、工商等行政机关查封、扣押侵权商品的地点。人民法院在诉前查封、扣押侵权商品的地点，不属于上述司法解释规定的查封扣押地。人民法院在审查当事人诉前申请采取临时措施时，首先应当确定自己有管辖权，不得因采取诉前临时措施而认为可以取得管辖权。3、在侵权商品储藏地或者扣押地，当事人可以起诉实施储存、保管、运输等行为的行为人，也可以起诉该部分商品的经销商、制造商，或者同时起诉各行为人。 .
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